本院主要以作物为基础设立研究所，主要研究单位有：橡胶栽培研究所、植物保护研究所、热带园艺研究所、农牧研究所、南亚热带作物研究所、华南热带农产品加工设计研究所、华南热带农业机械化研究所、热带农业科技信息研究所、热带香料饮料作物研究所、椰子研究所、分析测试中心、热带作物生物技术国家重点实验室、农业部热带作物栽培生理学重点开放实验室、农业部天然橡胶加工重点开放实验室、农业部食品质量监督检验测试中心（湛江）、农业部热作机械质量监督检验测试中心、农业部热带农产品质量监督检验测试中心、农业部热带作物种子种苗质量监督检验测试中心和农业部植物新品种测试分中心。